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流行性腮腺炎容易与化脓性腮腺炎、其他病毒所引起的腮腺炎、其他原因所致的腮腺肿大混淆。
化脓性腮腺炎：常为一侧性，局部红肿压痛明显，晚期有波动感，挤压时有脓液自腮腺管流出，血象中白细胞总数和中性粒细胞明显增高。
其他病毒所引起的腮腺炎已知副流感病毒，甲型流感病毒，肠道病毒中的柯萨奇病毒，单纯疱疹病毒，淋巴脉络膜丛脑膜炎病毒等均可引起腮腺炎，需作血清学和病原学检查。 其他原因所致的腮腺肿大许多慢性病如糖尿病、慢性肝病、结节病、营养不良和腮腺导管阻塞等均可引起腮腺，一般不伴急性感染，症状，局部也无明显疼痛和压疼。
